E' suddiviso in tre livelli: locale, regionale e nazionale. Le BCC-CR, dopo essersi costituite, aderiscono alle Federazioni locali (che rappresentano una o più regioni, ed in totale sono 15) che, a loro volta, si ritrovano associate a Federcasse, la federazione nazionale che svolge funzioni di promozione, coordinamento, assistenza tecnica e revisione a favore di tutto il Sistema del Credito Cooperativo.
E' costituito dal Gruppo bancario Iccrea, rappresentato dalla Capogruppo, Iccrea Banca S.p.A., e dalle Società da questa controllate, che predispongono prodotti e servizi a beneficio esclusivo delle Banche di Credito Cooperativo e Casse Rurali.
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